শিশুদের মলদ্বার ও খাদ্যনালী র নিচের অংশের সমস্যা গুলো বড়দের তুলনায় সম্পুর্ণ আলাদা। এই সমস্যা গুলো র বেশিরভাগ ই জন্মগত। যেমন – মলদ্বার তৈরী না হওয়া (এনোরেকটাল ম্যাল্ফরম্যাশন), হার্শপ্রাং ডিজিজ (খাদ্যনালী র নিচের অংশ প্যারালাইসিস) ইত্যাদি। কিছু সমস্যা জন্মের পরেও হয়, যেমন- মলদ্বার এ ফোড়া, ফিস্টুলা, পলিপ ইত্যাদি।
এই সমস্যা গুলো চিকিৎসার সময় যে মূলনীতি গুলো অনুসরণ করতে হয় –
১। গঠনগত ভাবে স্বাভাবিক মলদ্বার নিশ্চিত করা
২। মলদ্বার এর স্বাভাবিক কার্যক্রম নিশ্চিত করা অর্থাৎ নিয়মিত পায়খানা করতে পারা।
এই কারণে শিশুদের মলদ্বার এর অপারেশন গুলো হয় জটিল ও স্পর্শকাতর।
তবে সময়মতো সঠিক চিকিৎসা পেলে বেশির ভাগ শিশুই স্বাভাবিক জীবন যাপন করতে পারে।